Cerkev svetega Janeza Evangelista je pri nas edina srednjeveška sakralna zgradba protoromanskega stila z možnostjo obhoda okoli oltarja, kar jo uvršča med zares izjemne spomenike. Do današnjih dni so se zaradi trhlosti in preperelosti ohranili njeni povsem reducirani ostanki, ker od konca XIX. st. cerkev ni bila več v uporabi. V nedavnih raziskavah in obnovitvenih delih, so bili revalorizirani njeni posamezni deli, predvsem z delno rekonstrukcijo apside z deambulatorijem iz sedmih stebrov in sistemom lokov in svodov. Posebno vrednost imajo kapitlji na vrhovih stebrov, ki so zelo umetelno okrašeni s klesanim akantovim in palmovim listjem, stilizirani na način, ki odgovarja drugi polovici XI. stoletja. Prvotna cerkev je bila zgrajena že v V. st. kot triladijska bazilika s polkrožno apsido, pri čemer je odprtina proti glavni ladji širša od njene širine. Na ta način se uvršča v posebno tipološko skupino takih zgradb. Okrašena je bila z mozaiki, njihovi fragmenti so ohranjeni v apsidi, svetišču in južni ladji. Okrasni motivi so primerni stilu in času. Takšno tipološko določilo svetišča je pravzaprav omogočilo obhod okoli oltarja v drugi polovici XI. st., ki je bilo primerno novim liturgijskim odredbam, še posebej znotraj benediktinskega reda, kateremu pripada ta samostan. Zidovi predhodne cerkve so bili porušeni do tal, zgrajeni pa so bili novi s kontraforji na zunanjem plašču, kot podporniki velike polkalotne apside. V središču svetišča se je nahajal oltar s konfesijo v podnožju, v kateri je bila ohranjena kamnita zgodnjekrščanska relikvija s karakterističnimi oznakami Kristusa kot začetka in konca, tj. črkama alfa in omega. Temu času pripada tudi napis z imenoma mojstrov Munda in Radavita (ARTIFEX MVNDO CVM RADAVITO OPERA FECIT), ki se je nahajal na nadvratniku vrat v severnem zidu

Za hranjenje relikvij, se je v XII. st. z južne strani cerkve, ob samem svetišču, zaradi določenih liturgijskih razlogov, zgradil romanski zvonik s kapelsko kustodijo. Kot je to razvidno iz ohranjenega napisa, sta zvonik leta 1471 obnovila in delno preuredila mojstra Ilija in Marko (OPUS ELIE ET MARCI).

Cerkev je bila večkrat preurejena in prezidana, lastniki in nameni pa so se skozi zgodovino menjali. Že od leta 1273 naprej, so benediktinske redovnike zamenjali frančiškanski konventualci. Od pred konca XVIII st. pa vse do ukinitve leta 1828, je bil tu sedež rabske škofije. Najpomembnejše spremembe je za družini Cemotta in Scaffa v začetku druge polovice XV. st. opravil mojster Andrija Aleši, ki je dvignil velike kapele v stilu cvetne benečanske gotike v prvih dveh cerkvenih travejah. Zapuščene ostanke cerkve in samostana, od katerih so bili vidni zidovi samostanskega zaprtega dvorišča, je v tridesetih letih XX. st. porušil ban posavske Banovine, tam pa zgradil svojo vilo.