Ova se crkva prvi put spominje kao Crkva sv. Antuna u jednoj ispravi iz 1280. godine kao gostinjac (hospicij) benediktinskog samostana sv. Petra iz Supetarske Drage. Pregrađena je u XVI. i XVIII. st.. i to nakon čudotvornog događaja 1556. godine kada je na oltaru proplakalo raspelo zbog, kako to navode suvremeni zapisi, raskalašenog i nečudorednog života Rabljana. Ovaj je događaj neobično potresao Rabljane te je vrlo brzo zasnovana Bratovština sv. Križa proplakanog koja s vremenom postaje sve brojnijom i utjecajnijom. O ovom događaju ispjevana je i pjesma "Štujmo braćo- u slikovitom čakavskom rapskom dijalektu, koju je polovinom XVIII. st. vjerojatno sastavio rapski biskup Luka Garanjin porijeklom iz čuvene trogirske obitelji.

U drugoj polovici XVIII. st. uz začeljni zid svetišta podiže se glavni monumentalni oltar od višebojnog mramora u oblicima mletačkog kasnog baroka s tzv. palom portante (nosećom slikom), u kojoj se izvorno nalazilo proplakano raspelo od terakote, a koje je izgubljeno početkom XX. stoljeća. Slika se zbog svoje izuzetne vrijednosti pripisivala velikim umjetnicima settecenta G. B. Piazzeti. F. Benkoviću itd. Nedavno je s pravom atribuirana slikaru Giovanniju Scajari.

Vrhunac obnove predstavlja štukaturni ukras na stropu svetišta s prikazom Svetog Trojstva, u središtu vrlo vješto modeliran u visokom reljefu. Unutar ovalnih medaljona u uglovima nalaze se scene iz Kristova života: molitva na Maslinskoj gori. bičevanje, polaganje u grob i uskrsnuće. Ovaj su rad 1799. godine u klasicističkoj maniri izveli braća Giacommo i Celemente Sommazzi. štukateri iz danas švicarske pokrajine Ticino.