Crkva svetog Ivana Evanđelista jedina je srednjovjekovna sakralna građevina protoromaničkog stila s deambulatorijem (ophodom oko oltara) u svetištu kod nas, što je čini zaista izuzetnim spomenikom. Do naših dana održali su se njeni posve reducirani ostaci, nakon što zbog trošnosti od kraja XIX. st. crkva više nije u funkciji. U nedavnim istraživanjima i radovima obnove revalorizirani su njezini pojedini dijelovi rekompozicijom i djelomičnom rekonstrukcijom apside s deambulatorijem od sedam stupova te sustava lukova i svodova. Posebno su vrijedni kapiteli na vrhovima stupova, ukrašeni vrlo vješto klesanim akantovim i palminim lišćem, stiliziranim na odgovarajući način iz druge polovine XI. stoljeća. Prvotna crkva sagrađena je već u V. st. kao trobrodna bazilika s polukružnom apsidom čiji je otvor prema glavnom brodu širi od njegove širine, te se na taj način svrstava u posebnu tipološku skupinu takvih građevina. Bila je ukrašena mozaicima, od kojih su sačuvani fragmenti u apsidi, svetištu i južnom brodu, s ukrasnim motivima primjerenim ovom stilu i vremenu. Upravo je ovakvo tipološko odredenje svetišta omogućilo podizanje ophoda oko oltara u drugoj polovini XI. st.. shodno novim liturgijskim odredbama, posebno unutar benediktinskog reda kojemu pripada ovaj samostan, kada su zidovi ranije crkve porušeni do razine poda i podignuti novi s kontraforima na vanjskom plaštu kao podupiračima velike polukalote apside. U središtu svetišta nalazio se oltar s konfesijom u podnožju u kojoj je bio pohranjen kameni ranokršćanski relikvijar s karakterističnim oznakama Krista kao početka i kraja. tj. slovima alfa i omega. Ovom vremenu pripada i natpis s imenima majstora Munda i Radavita (ARTIFEX MVNDO CVM RADAVITO OPERA FECIT) koji se nalazio na nadvratniku vrata u sjevernom zidu.

U XII. stoljeću s južne strane crkve uz samo svetište iz određenih se liturgijskih razloga podiže romanički zvonik s kapelnom kustodijom za čuvanje relikvija. Zvonik su 1471. god. obnavljali i dijelom pregrađivali majstori Ilija i Marko, kako to navodi sačuvani natpis (OPUS ELIE ET MARCI).

Crkva je više puta pregrađivana, mijenjajući kroz povijest vlasnike i namjene. Već od 1273. godine benediktinske su redovnike zamijenili franjevci konventualci. Pred kraj XVIII st. pa sve do ukinuća 1828. godine ovdje je sjedište Rapske biskupije. Najznačajnije preinake izveo je početkom druge polovice XV. st. majstor Andrija Aleši. podižući velike kapele u stilu cvjetne mletačke gotike u prva dva traveja crkve za obitelji Cemotta i Scaffa. Napuštene ostatke crkve i samostana, od kojeg su vidljivi zidovi klaustra i kapitulame dvorane, tridesetih godina XX st. razgrađuje i gradi svoju vilu ban posavske Banovine.